生物安全柜中的風扇不能防火花。避免使用易揮發的易燃化學品，否則可能發生火災或爆炸。
避免使用可能影響氣流和損壞HEPA過濾器的本生燈或其他火焰。
生物安全柜內無微生物的環境中不需要明火。在敞開的長凳上，燃燒培養皿的頸部將產生向上的氣流，防止微生物落入管或燒瓶中。然而，生物安全柜內的明火造成湍流，擾亂了供給工作表面的空氣模式。當被認為是**必要的時候，可以使用配備指示燈的觸板式微燃燒器按需提供火焰。內部機柜空氣干擾和熱量累積將被**小化。工作完成后，燃燒器必須關閉。在柜內使用明火時，其附近任何酒精或易燃液體都可能引起火災，因此必須小心謹慎。小型電爐可用于凈化細菌環和針頭，比生物安全柜內部的明火更好。使用預處理的無菌環也是一個不錯的選擇。