1. 無菌室為專門進行微生物指標檢查的實驗室，不得進行其他試驗。無菌檢查用無菌室與微生物限度檢查用無菌室應各自獨立。藥品、食源性樣品檢查用無菌室各自獨立。 
2.無菌室應設有無菌操作間和緩沖間，無菌操作間潔凈度應達到10000級，工作臺的潔凈度應達到100級。
3.設有連鎖式傳遞窗口，保證人流物流分開。
4.設有空氣凈化層流系統，保證潔凈室與室外壓差大于10Pa，相鄰潔凈室不同級別的壓差大于5Pa。
5.試驗時室內溫度應控制在18～26℃，相對濕度在45～65%。
6.無菌室內外環境應保持清潔，無污染源。室內僅存放必須的檢驗用具，擺放整齊，保持清潔。嚴禁堆放雜物。
7.檢驗人員必須持有本崗位上崗證，方可從事無菌檢驗及微生物檢驗工作 。
8.每次實驗前，應用消毒液（如2％的甲酚溶液，75％的酒精，0.1％的新潔爾滅溶液等）擦試無菌室工作臺面及可能污染的死角，開啟空氣凈化設備和臭氧發生器殺菌1小時。
9.進入無菌室的檢驗人員不得化裝、戴飾品、留指甲，經洗手、消毒及更無菌衣后方可進入無菌室。每次進入無菌室的人數不超過2人。
10.實驗用物品須滅菌或經消毒處理后，放入傳遞窗，開啟傳遞窗凈化設備及紫外燈照射30分鐘后，方可移置無菌室操作間內。在操作間內除去物品的外包裝后，在百級工作臺內進行試驗。
11.操作人員應嚴格按照無菌操作的規程進行操作。在操作中，若出現樣本污染環境及衣服等情況，應及時消毒處理。
12. 試驗后及時進行清場，將移入的物品及產生的廢棄物全部移出，清潔工作臺面及地面，并進行消毒處理，繼續開動空氣凈化系統及開啟紫外燈殺菌30分鐘。
13.陽性對照菌的接種應在專用的菌種接種室（生物安全柜）內進行操作，各種菌均不得帶入無菌室。帶菌的或可能染有菌的物品，必須高壓滅菌后方可洗刷。
14. 無菌室每半年檢測一次室內的潔凈度（塵埃粒子、浮游菌、壓差、溫度、濕度、換氣次數），檢驗人員每次試驗時監測百級凈化工作臺的沉降菌，均應記錄并符合規定。否則應立即徹底消毒滅菌或更換過濾器。直**重復檢查符合要求，方可使用。
15.每次實驗結束應做好無菌室使用及監控記錄。